Su modo de acción es a través de la inhibición de la enzima ACCasa (acetil-coenzima-carboxilasa) provocando un bloqueo de la síntesis de ácidos grasos esenciales a nivel meristemático y una detención del crecimiento y muerte de las malezas.
El Cloquintocet mexil (que actúa sólo en el cultivo) protege al cultivo de Cebada y Trigo favoreciendo la acción de enzimas metabólicas que degradan el herbicida en compuestos no tóxicos.